请问在学院念本科跟在大学本校念有什么不同吗?

大家知道有一部分大学授权并且提供本科课程给一些学院(不是大学附属学院,而是别的独立的学院,经过British Council 认证的).学生在这些学院本科毕业后,大学本校将会颁发学历,但成绩单好像是由学院出.我身边不少人都在学院读,说这样便宜.我想请问在学院完成本科跟在大学完成本科有什么不同吗?将来申请硕士的时候会不会遇到麻烦呢?谢谢大家.